Obnova samostana
Vlada RH vratila je Badiju 2003. godine vlasniku franjevačkoj Provinciji sv. Jeronima sa sjedištem u Zadru. Dvije godine kasnije zadarski franjevci ugovorom ustupaju samostan Hercegovačkoj franjevačkoj provinciji na 99 godina. Samostan i crkva na Badiji, nakon više od 60 godina nebrige i uništavanja vjerskih i kulturnih dobara, nađeni su potpuno devastirani. Tadašnji zadarski provincijal fra Bernardin Škunca zajedno s tadašnjim hercegovačkim provincijalom fra Slavkom Soldom poziva fra Jozu Zovka da pokuša obnoviti samostan i vratiti mu njegov prijašnji sjaj i njegov smisao da ponovno postane duhovnim i kulturnim središtem južne Dalmacije. Od 2005. započinju arheološka istraživanja, konzervatorski elaborati i projekti za obnovu samostana. Potom su uslijedili građevinski radovi pa sve do unutarnjeg uređenja samostana kada je samostan dobio i svoj puni smisao – prihvat hodočasnika na duhovne obnove.
2005.
2005. godine u suradnji i pod nadzorom Konzervatorskog odjela Ministarstva kulture RH iz Dubrovnika napravljene su geodetske snimke zatečenog stanja, obavljeni su istražni radovi i ishođene suglasnosti potrebne za početak radova na obnovi zgrade samostana.
2007. – 2009.
Od 2007. do 2009. obnovljeno je krovište samostana, samostojeći objekt orsan i zvonik.
2010.
Izrađena projektna dokumentacija za obnovu unutrašnjosti zgrade samostana.
2011.
Napokon je dobiveno rješenje o renovaciji i gradnji samostana. Počeli su radovi na obnovi unutrašnjosti samostana. Pojedini povjesničari tumačili su ime Badija po benediktinskom nazivu opatija, iako za to nema vidljivih dokaza. Arheolozi zahtijevaju da se kompletni samostanski prostor otkopa. Nakon dugoga napornog i zahtjevnog rada očišćen je pod i nasip do mora. Arheolozi su otkrili ispod smostana temelje vile rusticae. Nasut je novi materijal koji se mljeo na otoku. Tisuće četvornih metara otpada poslužio je za izgradnju i nasip šetnice oko otoka. Šetnica je probijema i nasuta u dužini pet kilometara. U novu stazu oko otoka položena je voda, struja i telefon. Postavljena je javna rasvjeta s južne strane otoka.
