Naziv otoka Badija površine 0,79 km prvi se put spominje 1737. godine, a kao Školj sv. Petra 1368. godine, a potom i drugi nazivi kao Otok, Veliki školj, Veći školj, Školj sv. Marije. Franjevci dobivaju u vlasništvo čitavi Otok – darovnicom Dubrovačke Republike 1398.g. Predsjedništvo vlade NR Hrvatske 1949.g. odlučuje o eksproprijaciji samostana. Vlada Republike Hrvatske 2003.g. vratila je Otok vlasniku franjevačkoj Provinciji sv. Jeronima iz Zadra. Provincija sv. Jeronima 2005.g. predala je samostan i otok Badiju na 99 godina Hercegovačkoj franjevačkoj provinciji Uznesenja Blažene Djevice Marije. Iste godine Hercegovačka provincija, kao novi vlasnik počinje obnovu crkve, klaustra i samostana. Na otoku je izgrađen Križni put, od kamena s mozaikom iz Portugala koji se proteže sve do nekadašnje pustinjačke izbe San Diega u kojem se pustinjak skrivao od lošeg vremena želeći osluškivati Božji glas u potpunoj tišini. Put križa blagoslovljen je u rujnu 2018. godine.