Samostan
Upravitelji samostana su braća Hercegovačke franjevačke provincije Uznesenja Blažene Djevice Marije, a samostan je osnovan bulom Sacrae vestrae religionis pape Bonifacije IX., kojom traži da se sagrade četiri samostana za fratre misionare Bosanske vikarije, te ”za utočišće braće spomenutog reda” koji su zbog turskih osvajanja morali napuštati svoje samostane.
Otok se nalazi pod jurisdikcijom Dubrovačke biskupije – Metropolije splitske.
Provincija sv. Jeronima 2005.g. predala je samostan i otok Badiju na 99 godina Hercegovačkoj franjevačkoj provinciji Uznesenja Blažene Djevice Marije. Iste godine Hercegovačka provincija, kao novi vlasnik počinje obnovu crkve i samostana.
Hercegovačka franjevačka provincija preuzela je Badiju s velikom odgovornošću. Ona je bogata povijest franjevačke prisutnosti među Hrvatima te spomenik kulture nulte kategorije. I s tom odgovornošću i željom Badija je prihvaćena kako bi ponovno postala kulturno i duhovno franjevačko središte južne Hrvatske koje je zauzimala prijašnjih stoljeća.
Samostan je otvoren za boravak svećenicima, redovnicima i hodočasnicima smještajući ih u 60tak obnovljenih soba i uz ponudu hrane uzgojene u vrtu samostana.
Obnova samostana
Dvije godine kasnije zadarski franjevci ugovorom ustupaju samostan Hercegovačkoj franjevačkoj provinciji na 99 godina. Samostan i crkva na Badiji, nakon više od 60 godina nebrige i uništavanja vjerskih i kulturnih dobara, nađeni su potpuno devastirani. Tadašnji zadarski provincijal fra Bernardin Škunca zajedno s tadašnjim hercegovačkim provincijalom fra Slavkom Soldom poziva fra Jozu Zovka da pokuša obnoviti samostan i vratiti mu njegov prijašnji sjaj i njegov smisao da ponovno postane duhovnim i kulturnim središtem južne Dalmacije. Od 2005. započinju arheološka istraživanja, konzervatorski elaborati i projekti za obnovu samostana. Potom su uslijedili građevinski radovi pa sve do unutarnjeg uređenja samostana kada je samostan dobio i svoj puni smisao – prihvat hodočasnika na duhovne obnove.
2019.
2012.
2011.
Napokon je dobiveno rješenje o renovaciji i gradnji samostana. Počeli su radovi na obnovi unutrašnjosti samostana. Pojedini povjesničari tumačili su ime Badija po benediktinskom nazivu opatija, iako za to nema vidljivih dokaza. Arheolozi zahtijevaju da se kompletni samostanski prostor otkopa. Nakon dugoga napornog i zahtjevnog rada očišćen je pod i nasip do mora. Arheolozi su otkrili ispod smostana temelje vile rusticae. Nasut je novi materijal koji se mljeo na otoku. Tisuće četvornih metara otpada poslužio je za izgradnju i nasip šetnice oko otoka. Šetnica je probijema i nasuta u dužini pet kilometara. U novu stazu oko otoka položena je voda, struja i telefon. Postavljena je javna rasvjeta s južne strane otoka.
2010.
Izrađena projektna dokumentacija za obnovu unutrašnjosti zgrade samostana.
2007. – 2009.
Od 2007. do 2009. obnovljeno je krovište samostana, samostojeći objekt orsan i zvonik.
2005.
2005. godine u suradnji i pod nadzorom Konzervatorskog odjela Ministarstva kulture RH iz Dubrovnika napravljene su geodetske snimke zatečenog stanja, obavljeni su istražni radovi i ishođene suglasnosti potrebne za početak radova na obnovi zgrade samostana.
